20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓“女尸”的发现震惊中外。其尸骨保存之完好举世罕见。由此，有人推测秦始皇的遗体也会完好地保存下来。
虽然客观上具备保护遗体条件，但秦始皇遗体是否完好地保存下来呢?如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦代也应具备保护遗体的防腐技术。
问题是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑时节，“尸体”未运多远，便发出了熏人的腥味，为了防止腥味扩散，走漏 “风声”，赵高、胡亥立即派人从河中捞了一筐筐鲍鱼，将鲍鱼与“尸体”放在一起以乱其臭。
这样，经过50余天的长途颠簸，九月，尸骨终于运回咸阳发丧。秦始皇由死到下葬间隔近两个月。根据当代遗体保护经验，一般遗体保护须在死者死后即刻着手处理。如若稍有延误，尸体本身已开始变化，恐怕再先进的技术也无能为力。
秦始皇遗体途中就开始腐败，尸体运回咸阳等不到处理恐怕早已面目全非了。据此推测秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
谜团2：秦陵幽幽地宫深几许?
据最新考古勘探资料表明：秦陵地宫东西实际长260米，南北实际长160米，总面积41，600平方米。秦陵地宫是秦汉时期规模最大的地宫，其规模相当于5个国际足球场。
通过考古钻探进一步证实，幽深而宏大的地宫为竖穴式。司马迁说“穿三泉”，《汉旧仪》则言“已深已极”。说明深度挖至不能再挖的地步，至深至极的地宫究竟有多深呢?神秘的地宫曾引起了华裔物理学家丁肇中先生的兴趣。
他利用现代高科技与陈明等三位科学家研究撰文，推测秦陵地宫深度为500至1500米。
现在看来这一推测近乎天方夜谭。假定地宫挖至1000米，它超过了陵墓位置与北测渭河之间的落差。那样不仅地宫之水难以排出，甚至会造成渭河之水倒灌秦陵地宫的危险。
尽管这一推断悬殊太大，但却首开了利用现代科技手段探索秦始皇陵奥秘的先河。国内文物考古、地质学界专家学者对秦陵地宫深度也作了多方面的研究探索。根据最新钻探资料，秦陵地宫并没有人们想像的那么深。
实际深度应与芷阳一号秦公陵园墓室深度接近。这样推算下来，地宫坑口至底部实际深度约为26米，至秦代地表最深约为37米。这个数据应当说不会有大的失误，这是依据目前勘探结果推算的。但是否如此尚有赖于考古勘探进一步验证。
谜团3：秦陵地宫埋“水银”之谜
始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》，《汉书》中也有类似的文字。然而，陵墓中究竟有没有水银始终是一个谜。现代科技的发展为验证秦陵地宫埋水银这一千古悬案提供了必要的前题条件。
