朱元璋下葬前后发生了一件灵异事件，明孝陵据说传来半夜哭声。当年孝陵内每到夜里就传出一个妇人的哭声，原来这是马皇后的哭声，后来大搞法事才没有了哭声。马皇后为什么要哭?说是一人空守一座孤坟，悲伤所致啊，“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独”，即是这个说法。
燕王朱棣后来起兵造事，把老子任命的孙子皇帝撵出南京的皇宫，至今下落不明，与朱允炆选择的下葬时间失当有直接关系，成为朱棣要搞他的第一理由。
现在，关于朱元璋的死亡时间，有各种说法，一是洪武三十一年(1398年)闰五月初九，一说是闰五月初五，一说是闰五月十七日等。为什么会有这么多种说法，表面的原因是史书上记载多模糊，如《明史 惠帝纪》：“恭闽惠皇帝讳允蚊，大祖孙，懿文太子第;子也。三十一年闰五月太祖崩”，只是说明朱元璋闰五月死的，而哪一天没有说。 但对于下葬时间倒说得很具体，“(朱允炆辛卯即皇帝位，大赦天下，以明年为建文元年。是日，葬高皇帝于孝陵，诏行三年丧。”“辛卯”，现在可以确定了，就是洪武三十一年闰五月十六日。
从这里推算，朱元璋下葬是他死后的第七天，那么死时间就是当年的闰五月初九。对于朱元璋到底是哪天死的?按说这是很清楚的事情，为什么史书上要写得模糊?这与朱允炆给朱元璋选择下葬时间不当，“嫌其太速，事理有不尽然者”，为掩人耳目啊，故意混淆是非。
确实，如果根据《明皇大政记》等史书的记载，堂堂一位开国之君，死后几天即下葬了，那么多分封在外地的王子都没有赶回来啊!这正常么?所以，朱棣在听说侄儿把他老子匆匆埋了后，十分恼火。谈迁的《国榷》记载，“燕王入临，将至淮安”，以为父亲奔丧为名，要找朱允炆讨说法，这为以后篡位找到了第一理由。《明皇大政记》记载，“故燕王移檄，亦有此句，且指以为罪。则葬之的据甚明。”
而正是考虑下葬时间上有让人说出话的地方，朱允炆到底是哪一天把祖父葬了的说法很多，明人朱国桢在《皇明大政记》称，“高皇帝之葬，《吾学编》、《明书》：‘辛卯皇太孙即位。是日，葬孝陵。”而他书多不敢及，疑之也。于是有六月初一之说。夫即位，必先告几筵，以明授受继体之正。建文即位，实在三十一年闰五月十六辛卯日，去高皇崩仅七日，即于是日完葬事。
《明史本纪》称“五月辛卯葬孝陵之下。”，而《通纪》及《建文朝野类编》都记载是“六月甲辰”，现在查一下，是闰五月二十九日。 又有说，不是死后七天下葬的，而是七个月后，如徐乾学《读礼通考》称，“乾学谨案，明代诸栽纪，皆言大祖崩七日而葬。惟吴朴《龙飞纪略》逾七月而葬。”这种说法的理由是，朱允炆是很讲礼制的皇帝，不应那么快就把祖父给葬了。
