如果外星人正在访问我们的星球，他们为什么不与人类公开接触？为什么飞碟不在闹区公园？或白宫、埃菲尔铁塔前公开现身？一些持怀疑态度者紧抓住这个问题，彷佛没有任何很好的回答可以解释，认为飞碟现象根本是幻想与欺骗下的产物。然而，有不错的原因可以反驳，就是外星人可能要保持其存在的秘密。
外星人领导者的指示
一个猜测是，外星人有某种道义上的原因，使他们无法大规模地干预不太先进文明的行星事务。因此外星人领导者指示探测船规则，如果行星自己尚未达到高层次的技术时，不要改变它的自然发展轨迹。
外星人研究人类遗传基因？
最可怕的一点，为什么外星人没有公开接触的原因，是他们对我们并不友善。毕竟，如果你的意图是敌对的，为什么你需要公开宣布？一些幽浮专家认为，外星人到这里来收集人类遗传物质，可能是为了创造杂种外来人。
更进一步的阴谋论
有人相信外星人和美国自己的政府之间，已经取得了一个秘密的协议，在有限的范围内，允许外星人绑架人类进行研究，以换取分享一些他们的秘密技术。如果是这样，这似乎是一个奇怪的协议。毕竟，如果美国的政府开始公开使用外星技术，必然有些问题将被人民质疑？如果协议存在的话，那么，就意味着美国的政府拥有先进的外来技术，但他们又不能公开使用，为什么他们会需要这样的协议？也许美俄冷战时期诱惑了他们。库存的外来超级武器，可以在发生第三次世界大战时用得上。
