然而，古代玛雅人给我们的困惑还远不止于此。科学家们发现，当有光束照在这颗头骨上时，隐藏在基底的棱镜和眼窝里用手工琢磨的透镜片组合在一起，能产生一系列光学变化，它所发出的炫目光束，有一种催眠般的魔力，会让人出现幻觉、幻听等现象。曾经研究水晶头骨长达6年之久的水晶专家富兰克.多兰德先生说，他在与水晶头骨共处时，能听到一种”非常安静又引人注意，像是从高音大钟发出”的声音，还能从水晶头骨上看到”山峦、庙宇”等图像。更有人在抚摸过水晶头骨后，发现自己身上的疾病居然奇迹般地治愈了，种种神奇的现象实在让人无法理解。近代光学产生于17世纪，古代玛雅人不可能会运用。
所有集中在水晶头骨上的谜团都让人匪夷所思，于是一些崇尚神秘主义的人们干脆把它归之为是天外来客的杰作。而当他们即将离开之前，又把水晶头骨作为礼物送给了玛雅人，之后，玛雅人就把它一直保存在金字塔里直到被安娜所发现。对于这种说法，科学家们无从考证，但当科学不能对一些神秘现象做出合理解释时，这种推测反而更容易让人接受，或许它真是外星人的杰作呢。
真实来历遭质疑
米歇尔黑吉斯水晶头骨聚集了种种神秘现象和不解之谜，使得人们对它的猜测也越来越离奇，但实际上，这颗头骨并不是第一个也不是唯一一个被发现的头骨。
到目前为止，世界上总共发现了大约十几颗水晶头骨，其中有3颗保存在博物馆或研究机构内，其余都被私人收藏。
而且，这十几颗水晶头骨也不全是玛雅人的遗物。但是在所有的这些头骨中，米歇尔.黑吉斯头骨无疑是纯度最高、最完美也最神奇的一个。
也许正因为这颗头骨太完美了，以至于遭到了人类的妒嫉，让人怀疑起它的真实来历。尤其是这个水晶头骨的具体出土时间，安娜本人竟有不同的说法。她在 1962年接受采访时说，水晶头骨是在30年代末，由她的父亲在一次挖掘玛雅遗址的时候发现的;1968年，她给一个研究水晶头骨的专家写信时又说头骨是在1926年发现的;1982年，她回答学者尼克尔的询问时，又变成是1924年;在1995年出版的《水晶头骨之谜》里面，又说水晶头骨是在安娜17岁生日那一天发现的。
这些，都不得不让人怀疑米歇尔.黑吉斯水晶头骨的真实来历。
一切也许都是谎言
调查者还发现，在印第安人中，只有古阿兹特克人有雕刻头骨的习惯，而古代玛雅人并没有这样的习惯，这就更使得笼罩在这颗头骨上的神秘光环显得越来越虚假了……
科学家们认为，水晶是一种神奇的东西，很容易令人着迷，另外，头骨也很容易让人联想到死神和死亡，用水晶来雕刻头骨，这种催眠的作用一下子就加倍了，所以容易受到暗示的人就会被它催眠，产生幻听、幻觉。
