古生物学家认为始祖鸟属羽毛并非全黑
长期以来，古生物学家认为无法真正复原古生物的颜色，只能通过对现代动物的观察和艺术想象去推测古生物的颜色。
但是北京自然博物馆的李全国副研究员领导的中国和美国古生物学家团队在2010年的美国《科学（Science）》杂志上发表了一篇研究报告却改变了这个问题，李全国等人对中国发现的一种长有羽毛的小型兽脚亚目（Theropoda）恐龙——赫氏近鸟龙（Anchiornis huxleyi）化石上保存的羽毛进行观察，并从中发现了黑色素体（Melanosomes）。
李全国等人根据赫氏近鸟龙羽毛化石中保存的黑色素体的大小、分布形态，并和现代鸟类羽毛中的黑色素体进行比对，复原了赫氏近鸟龙羽毛在生前的顏色。
此后，李全国和其他古生物学家也先后对其他长有羽毛的小型兽脚亚目恐龙和原始鸟类，包括中华龙鸟属（Sinosauropteryx）、中国鸟龙属（Sinornithosaurus）、小盗龙属（Microraptor）和孔子鸟属（Confuciusornis）等的羽毛化石中保存的黑色素体进行观察并确定了这些古生物的羽毛在生前的顏色。
始祖鸟属（Archaeopteryx）作为目前被普遍认可的已知最古老和最原始的鸟纲（Aves），它们的各个方面都受到了古生物学家的关注，因此古生物学家也尝试复原了始祖鸟属羽毛在生前的顏色。
美国布朗大学生态学和进化生物学系的Ryan M. Carney等人在2012年的英国《自然（Nature）》杂志的子刊《自然通信（Nature Communications）》杂志上发表了研究报告，这篇研究报告宣称根据对于始祖鸟属羽毛化石中保存的黑色素体进行的分析表明，始祖鸟属的羽毛是全黑色的。
最近，英国曼彻斯特大学大气、地球、环境科学学院的Phillip. L. Manning等人在英国《原子光谱分析学学报（Journal of Analytical Atomic Spectrometry）》杂志上发表了题目为《同步加速化学成像揭示了1.5亿年前的早期鸟类的羽毛图案（Synchrotron-based chemical imaging reveals plumage patterns in a 150 million year old early bird）》研究报告，对于Ryan M. Carney等人的研究成果提出质疑。
